到了清朝，满清皇帝的神经更脆弱，对这类事情更敏感，章表诗文中一切能够得上影射、暗示、以至可以牵强附会的字句，都会给作者带来杀身灭族之罪。按清律，凡谋反者和共谋，主犯凌迟处死，三代内父、子、兄弟、及同居之叔伯兄弟及子中16岁以上男子全部斩首，不满16岁的男童阉割后罚为奴，母、妻、妾、姐、妹、不论长幼全部罚为奴。外戚师生朋友也逃不了干系，就是死了也要挖出来戮尸。而文字狱的犯人包括家属、出版者、参订者、抄写人、装订人乃至买书人和当地官员。无一不是谋反罪，都逃不脱以上命运。因此，每起文字狱案件被奴、流、刑、杀的少则几十，多则几百。告发者往往得以升官发财，于是告讦成风，人人自危。一般文人不敢研究和反映现实问题，一头钻进故纸堆，搞考证去了，严重地阻碍了学术的发展。后世文字狱屡屡为统治者用作思想统治的工具，而清朝统治者尤其是康熙、雍正、乾隆时期经常把文字狱当作手中的紧箍咒，用来威胁迫害怀念明朝、对清朝有反感情绪的汉族知识分子。在清朝170多个文字狱案例中，实际上只有极少诗文勉强说得上有思念明朝、不满清朝的情绪，而大多数与此根本挂不上钩。清朝首例文字狱发生在1645年。这年河南乡试，一份中举试卷误将“皇叔父”(指多尔衮)书为“王叔父”，被指为大不敬，主考官欧阳蒸、吕云藻革职，交刑部论罪。