徐有贞十二三岁入小学时，已经会古文词，稍大后跟随都宪吴恩庵，常常有出人意料的议论，吴恩庵高兴地对人说他定成大器。有一次见到国子祭酒胡颐庵，胡让他赋诗，他拿笔立就，用词遣句都很老成。

祝允明幼年跟随外祖父。在祝允明出生前三年，徐有贞迎英宗复辟有功，受皇帝宠爱，遭到在复辟中一同立功的曹吉祥、石亨等人嫉妒，几次被诬下狱，后来英宗特诏让他回家。回家后闭门谢客，直到曹、石相继败死才开始买田筑屋，准备安度晚年。这时祝允明已经两三岁了。徐有贞在乡里德高望重，苏州府学碑刻立石往往请他撰并书，也经常有人请他作墓志铭。因此祝允明除了外祖父外，接触到了不少人，时时受到熏陶。

祝允明五岁，祖父祝颢辞职回乡。祖父虽然年逾六十，但精神很好，他善会谈，旁征博引，又常会开开玩笑，当时人都很愿意和他交游。祖父风趣洒脱的性格和生动的言谈给祝允明留下了很深的印象。

祝允明先天禀赋很好，又有两位大儒的教导，所以很早就显露出他的才华。他五岁时就能作一尺见方的大字，读书一目数行，九岁时已经能作诗。

祝允明十三岁时，外祖父去世，终年六十六岁。这一年吴门出了一位状元吴宽。两年后祝允明的老师王鏊廷试又得第三，吴门文人名声日大。

祝允明青年时期发奋苦学，为的是和他的长辈一样求取功名，这是文人的唯一出路。苏州府学树立着他外祖父撰并书的《儒学兴修记》和撰写的《科第题名之记》，这对于祝允明来说就是压力和要求。眼看自己熟悉的师长一个个金榜题名，他也必须努力。科举除了读书外还要练好楷书，祝允明严格地按照前辈的教导扎扎实实地下功夫。

祝允明往往把读书和写字结合起来学习。例如他二十八岁时用小楷书录一卷《唐宋四家文》。在卷末他自己认为前辈们往往书录古文上百，抄录一遍即能“得其大略”，所以他也学着这么做。这种口诵手录的学习方法对他的帮助很大。又如他二十七岁用小楷抄录了《庄子》中的七篇（《逍遥游》、《齐物论》、《养生主》、《人间世》、《德充符》、《大宗师》、《应帝王》），董其昌评为“绵里铁”，“如印印泥，方是本色”。

祝允明青年时期的诗文书法已经闻名乡里，大家都知道他的才华，因此当时任中书舍人的李应祯把自己的长女许配给他。此后祝允明在书法上的进步又得到了岳父的指导。李应祯精于书法，对各体都有研究，他提倡创新，在实践上自成一格。他又是文徵明的书法老师，因此对吴门书派的形成影响很大。