靳尚谊早年的画作命运多舛。《登上慕士塔格峰》在“马训班”毕业作品展结束后，保留在中央美院陈列馆，1969年中苏爆发珍宝岛事件，陈列馆觉得再保留反映中苏联合登山的画不合适，就把它折叠着还给靳尚谊，结果经过一番折叠，颜色都掉了，画也毁了。1964年，他完成了《踏遍青山》，画面中，乌云密布的天空下，毛泽东一个人往前走，牵着马的战士露出半身，远山和其他人物压得很低。这幅画入选了第三届全国美展，颇得好评并参加了全国巡展。1966年巡展结束时正值“文化大革命”开始，这幅画由美协送回美院油画系，最后不知所终。靳尚谊如今只保留了一张此画已经褪色的彩色反转片。还有其他一些花了他很多心血的作品亦是或被毁，或丢失。

现在，靳尚谊的画作受到收藏界的高度关注。他的作品在拍卖市场上累计成交额已接近2亿元，有三幅作品拍卖成交价突破千万。但他说，这些作品同他没有太大关系了，比如近期以2021万元创成交价新纪录的《毛主席在上钢三厂》，是1969年他为北京地铁画的。“那幅画画得很认真，后来不知道上哪儿去了。前一阵子有人拿来问，是不是我画的，我就认了，签了名。”他说：“我对钱不是很在乎。因为我们是从50年代过来的，一般生活能过得去就可以了，我很苦的日子也过过，改革开放以后好多了。现在生活也不错，工资也比较高了，也卖过一些画，当然，我卖的没有拍卖那么高，这很正常，让别人赚嘛，让一些经纪人、画廊去赚这个钱。我认为捐赠才是艺术品最好的归宿。好的东西应该给国家，为人民服务，让大家享受。”

从上世纪90年代起，靳尚谊就把最好的作品陆续捐给各地美术馆，唯一的要求是接受捐赠的美术馆要可靠，能让画受到很好的对待、很好的展示。他把经典画作《青年歌手》捐给了中央美院美术馆;《画家黄宾虹》捐给了上海美术馆;他的“新古典”风格的代表作《侧光人体》、探索现代人精神面貌的代表作《惊恐的妇女》、探索欧洲古典画风和中国画韵味融合的《八大山人》捐给了中国美术馆。在刘海粟美术馆、宁波美术馆、北京画院美术馆、河南省美术馆也都有他的捐赠画作。迄今，他捐赠的作品已有近70件，仅2009年，一次就向中国美术馆捐了39件。他说：“我是这个专业的，怎么发挥作用?最好就是让作品摆在美术馆长期陈列，让一代又一代人长期去欣赏。这是最好的了。”